La decoración de la basílica partía de un suelo ornado con mármoles polícromos para ascender hasta el coelum aureum, un techo completamente dorado, a través de cuatro franjas parietales, horizontales, decoradas con diferentes programas iconográficos, de las cuales, la más baja no se conserva hoy día. El motivo fue la sustitución de la columnata que divide las naves en el siglo XVI, con la que se hizo desaparecer este nivel de separación entre los mosaicos y los arcos sostenidos por las columnas.
En la franja decorativa superior se representan diversas escenas del Nuevo Testamento, que se alternan con veneras decorativas. Al norte aparecen imágenes relacionadas con el ministerio de Cristo y al sur aquellas que hablan de la Pasión. En la zona más próxima al altar, las representaciones hacen referencia al sacramento de la Eucaristía: la Última Cena y las Bodas de Caná. El aspecto más notable de este conjunto de imágenes se centra en la representación de Cristo que, en uno de los lados aparece como un joven imberbe y en el opuesto como un hombre maduro ya barbado.
Se ha querido ver en esta diferenciación un nexo con la doctrina arriana y su diferente interpretación de la naturaleza de Cristo. Si bien, al existir ejemplos similares en otras iglesias contemporáneas, podría desecharse esta hipótesis, aunque parece lógico pensar que la distinción entre ambas tipologías tuvo algún significado que hoy se desconoce.
La decoración de la zona intermedia, en la que se sitúa la línea de iluminación del templo, está compuesta por figuras masculinas, de tamaño natural, que alternan con las ventanas. Un total de 32 personajes visten túnicas blancas y portan en sus manos códices o rollos y que han sido identificados como autores bíblicos.
En la zona inferior dos procesiones avanzan hacia el altar. Una de santos mártires y, frente a ella, otra de santas vírgenes. Cada una de ellas parte de un paisaje que hace referencia a la ciudad de Rávena. De un lado el Palacio de Teodorico y del otro el puerto de Classe. Estas dos representaciones, junto a los relieves superiores, fueron parte del programa decorativo originario de la iglesia, realizado en tiempos de Teodorico. En el Palacio todavía puede observarse el detalle de un brazo y una mano que aparecen tras una de las columnas como vestigios de los personajes de la corte de debieron estar representados entre ellas.
Las procesiones, que avanzan de oeste a este, son, por el contrario, de época de Justiniano y nos muestran figuras estereotipadas, prácticamente idénticas, que avanzan bellamente engalanadas hacia las escenas situadas más próximas al altar. Las vírgenes hacia la Adoración de los Magos y la Virgen María y los santos hacia Cristo.
Ambas escenas hacer referencia a la doctrina cristiana. Sin embargo, cabe destacar que los magos podrían ser una manera de representar, simbólicamente, la Trinidad en un momento en el que esta imagen todavía no era utilizada en la iconografía cristiana. De este modo, la Trinidad se relacionaría, directamente, con la figura de Cristo, enfrente, representado como Rey entronizado, vestido con la púrpura imperial.